Tijela upravljanja Hrvatskog školskog sportskog saveza su:
- Skupština
- Izvršni odbor
- Nadzorni odbor
- Predsjednik
Skupština je najviše upravljačko tijelo HŠSS-a koje upravlja poslovima HŠSS-a, a čine ju po jedan predstavnik udruženih članica, izabranih na način utvrđen aktima članica s tim da županijski školski sportski savez na čijem području djeluje sto (100) ili više škola, ostvaruje pravo na dva predstavnika u Skupštini. Predstavnici u Skupštini u mandatnom razdoblju 2018. - 2022. su:
| Skupština | |
| Ivančica Valek | Zagrebačka županija |
| Tanja Tuđa | Krapinsko-zagorska županija |
| Nikola Perković | Sisačko-moslavačka županija |
| Sanja Ninković | Karlovačka županija |
| Ivana Putarek | Varaždinska županija |
| Darinka Šimunčić | Koprivničko–križevačka županija |
| Dražen Milaković | Bjelovarsko-bilogorska županija |
| Davor Juriša | Primorsko-goranska županija |
| Milan Štimac | Ličko - senjska županija |
| Saša Topić | Virovitičko–podravska županija |
| Albinko Bagarić | Požeško-slavonska županija |
| Mirna Mikić | Brodsko-posavska županija |
| Jadranka Duvančić | Zadarska županija |
| Zlatko Kraljević | Osječko–baranjska županija |
| Mirna Rajle Brođanac | Osječko–baranjska županija |
| Margit Vrbičić | Šibensko – kninska županija |
| Stipe Tomić | Vukovarsko–srijemska županija |
| Ivan Tokić | Splitsko–dalmatinska županija |
| Zdravko Omrčen | Splitsko–dalmatinska županija |
| Martin Bogoje | Dubrovačko–neretvanska županija |
| Marin Horvat | Međimurska županija |
| Franjo Ivanišević | Istarska županija |
| Hrvoje Lekić | Grad Zagreb |
| Pere Markić | Grad Zagreb |
Izvršni odbor sastoji se od ukupno devet (9) članova, uključivo Predsjednika i dva dopredsjednika HŠSS-a s tim da je jedan (1) član Izvršnog odbora predstavnik Središnjeg državnog ureda za šport. Članovi Izvršnog odbora u mandatnom razdoblju 2018. - 2022. su:
| Izvršni odbor | |
| Nikica Perković | predsjednik |
| Zdravko Omrčen | dopredsjednik |
| Jadranka Duvančić | dopredsjednica |
| Davor Juriša | član |
| Ivana Putarek | članica |
| Mirna Rajle Brođanac | članica |
| Stipe Tomić | član |
| Marin Horvat | član |
| Jozo Ćavar | predstavnik SDUŠ-a |
Nadzorni odbor sastoji se od ukupno tri (3) člana, s tim da je jedan (1) član Nadzornog odbora predstavnik predstavnik Središnjeg državnog ureda za šport. Članovi Nadzornog odbora u mandatnom razdoblju 2018. - 2022. su:
| Nadzorni odbor | |
| Boris Krstičević | predsjednik |
| Ljiljana Turina Bujanović | članica |
| Ivan Baričević | predstavnik SDUŠ-a |
Članovi disciplinske komisije u mandatnom razdoblju 2018. - 2022. su:
| Članovi disciplinske komisije | |
| Igor Miličević | predsjednik |
| Sandra Baturina | članica |
| Bruno Štefanek | član |
| Toni Svoboda | član |
| Tanja Škrak | članica |
Predsjednik HŠSS-a u mandatnom razdoblju 2018. - 2022.
| Predsjednik Hrvatskog školskog sportskog saveza |
| Nikola Perković |
